A mi tambien, asi que a ver si tiene solucion.
Saludos

Yo utilizo este programa, con el 737 de PMDG y otros, solo las configure una vez, para cada tipo de avion.
MSFS Pop Out Panel Manager (with Touch Support)
https://flightsim.to/file/35759/msfs-pop-out-panel-manager
 

Me parece muy interesante el programa comentado por Julio Luís ... no lo conocía y lo probaré en un próximo vuelo.
 
Por mi parte lo que hago ( parece que es similar al programa citado ) es lo siguiente :
 
Tengo un segundo monitor conectado a mi tarjeta gráfica como pantalla extendida que es el que voy a utilizar para sacar los relojes que necesite. 
 
Una vez arrancado el simulador y en la pantalla del panel principal del avión utilizado, pulso Alt Gr y situo el cursor del mouse sobre el reloj que quiero sacar al monitor auxiliar momento en que aparece un signo + en ese lugar. Pulso el botón izquierdo para seleccionar ese reloj y la primera vez que hago esto en un determinado avión, aparece una ventana conteniendo ese reloj y cualesquiera otros en los que utilice el mismo procedimiento ( una ventana por cada reloj ) en alguna parte de la pantalla principal ( para nuestro propósito no importa el lugar ) tapando parte del panel principal del avión, e incluso en el caso de varios relojes, tapandose unas ventanas con  otras ( tampoco importa ) 
 
A continuación y utilizando la barra de dsplazamiento de cada una de las ventanas, arrastro la misma a la pantalla auxiliar, la recoloco y la redimensiono en la forma que estime conveniente haciendo lo mismo con todas las ventanas que haya creado.
 
A partir de ese momento y no recuerdo haber hecho nada para que suceda, siempre que cargo ese avión en el simulador y ejecuto el procedimiento descrito ( Alt Gr , etc etc etc ) para sacar relojes, estas ventanas se sitúan axactamente en el lugar que en la sesión anterior yo las había colocado.
 
Creo que alguna vez he tenido que hacer algún pequeño retoque en cuanto tamaño y/o posición en la pantalla auxiliar, pero poca cosa .... lo que es seguro es que ya siempre que uso ese avión y quiero sacar sus relojes principales, van a parar a la pantalla auxiliar.
 
Hay que recordar que esas pantallas auxiliares no son operativas, ya que son exclusivamente informativas y cualquier selección que haya que hacer en ellas, debe ser hecha en su correspondiente del panel principal del avión, salvo que se utilicen los comandos de teclado correspondientes si lo que estamos viendo en la pantalla principal es el exterior del avión y queremos seguir en esa situación ( por ejemplo activar/desactivar el PA pulsando Z, selecciobar HDG pulsando CTRL+H, retc etc
 
Tan solo conozco una excepción y es en el ICON A5, en el cual y en determinadas circunstancias, la reproducción de los botones del panel principal en la pantalla auxiliar si son operativos.
 
A continuación muestro unas capturas de pantalla de la forma en que tengo situados determinados relojes en la pantalla auxiliar, tanto en un VFR como en un IFR
 

 

 
 

Hola Juanjo.
Ese es el procedimiento que hago yo.
Pero, esto que dices: "A partir de ese momento y no recuerdo haber hecho nada para que suceda, siempre que cargo ese avión en el simulador y ejecuto el procedimiento descrito ( Alt Gr , etc etc etc ) para sacar relojes, estas ventanas se sitúan axactamente en el lugar que en la sesión anterior yo las había colocado." es precisamenete lo que NO me pasa. Siempre hay que redimensionar cada una de ellas.
Me refiero al PMDG 738. Con los demás aviones no lo he probado.

Gracias por la información Julio! No conocía este programa y lo probaré.

Pues ya he probado el programa que sugiere Julio.
Y problema solucionado!!
Muchas gracias por este aporte.

Me alegro de que se haya solucionado ... no obstante, voy a tratar de averiguar si es que hice algo para que siempre salieran colocados en la misma situación y con el mismo tamaño
 
Saludos
 

https://secure.simmarket.com/seeingsky-inc-simflypad-b737-premium-panel-msfs.phtml
Mira este enlace, quizás pueda ser interesante, yo no lo he probado.