Fogo fue descubierta en 1460 por el capitán genovés Antonio de Noli. Fue bautizada inicialmente como São Filipe (San Felipe), hasta que la erupción de proporciones desvastadoras cambió al actual nombre. La historia de Fogo va asociada al ritmo caprichoso del volcán que va modificando el paisaje con sus erupciones. Los portugueses se establecieron en 1500 en la isla, que llegó a contar con una numerosa población esclava.
La gran erupción de 1680 hizo que gran parte de la población emigró a la vecina Isla Brava. En 1785 la erupción depositó la lava en la parte nordeste de la isla haciéndola crecer, donde hoy se asienta la villa deMosteiros. Posteriormente se produjeron las erupciones de 1799, 1847, 1852 y 1857. Casi un siglo después se produjo la erupción de 1951 y la última del siglo XX fue en 1995. El 23 de noviembre de 2014 entró de nuevo en erupción.4
La emigración se inició en 1850, sobre todo a Norteamérica. La revolución civil de 1910 en Portugal llevó a la aristocracia y a los terratenientes de vuelta a Portugal. Existe un pequeño museo en Fogo que ilustra esta trayectoria histórica.
 
La isla está conectada con el resto del país a través del Aeródromo de São Filipe, debido a la corta longitud de su pista solo puede albergar pequeños aviones del estilo ATR los que hacen el transporte de los pasajeros.