La mano de obra para la construcción del Transiberiano fue constituida por convictos de la Isla Sajalín y otros lugares, y también por soldados rusos. Uno de los mayores obstáculos a los que se enfrentó la traza del tren fue el lago Baikal, localizado a unos 65 km al este de Irkutsk. Con sus 640 km de longitud y sus 1600 m de profundidad, inicialmente se atravesaba en barco. Un ferry rompehielos fue adquirido a Inglaterra para el traslado de la locomotora y coches de pasajeros, mientras que los pasajeros eran trasladados junto con sus equipajes en trineo de un extremo del lago hacia el otro. Este sistema se continuó aplicando hasta la finalización de la traza sobre el extremo sur del lago.

La electrificación de la línea comenzó en 1929 y fue completada totalmente recién en 2002, permitiendo de esta forma duplicar la capacidad de carga de los trenes hasta alcanzar las 6000 toneladas.

El Transiberiano sigue siendo la vía de comunicación más importante de Rusia, al punto de que cerca del 30% de las exportaciones de este país son transportadas por ella. Si bien su atractivo turístico lleva a que muchos visitantes viajen en él, todavía es muy utilizado por los rusos en sus viajes domésticos.